胚胎发育原因
胎儿发育到第3周时，头端原始口腔的周围形成五个突起，上方正中为不成对的额鼻突，其下方两侧为二个上颌突，在上颌突的下方两侧为二个下颌突。胎儿发育至第5周时，下颌突在中央部融合而构成下唇及下颌骨。同时，额鼻突伸展至左右上颌突之间，其下端分成一个中鼻突和两侧二个侧鼻突。中鼻突在胎儿第6周时又继续向下伸展，其下端又分成二个球状突。球状突与侧鼻突间有一凹沟，即为鼻窝；鼻窝将来发育成鼻孔。胎儿发育至第7周时，二个球状突在中线相互融合，构成上唇的中1/3(唇人中)、鼻小柱及前颌。同时，上颌突已向中线伸展，在上方与侧鼻突融合，构成鼻侧部及颊部；在下方与球状突融合，构成上唇两侧的1/3及鼻孔底。中鼻突和上颌突亦同时向口内伸展；中鼻突垂直向后而构成鼻中隔，上颌突在水平方向、向中线而构成两侧腭突。腭突在胎儿第7周时已与前颌融合；至第10周时，左右两侧腭突在中线相互、并与鼻中隔相融合。这时，口腔与左右鼻腔已完全分开。一般认为，唇裂的发生是由于中鼻突下端的球状突与上颌突未能按时(在胎儿第7周时)融合的结果，而先天腭裂乃是由于两侧腭突未能按时(在胎儿第10周时)相互、并与鼻中隔融合所致。至于引起未能融合的因素，至今尚不确知，可能与遗传、营养、内分泌或感染、创伤等有关。
孕妇缺乏维生素A和B
孕妇缺乏维生素A和B，可导致新生儿先天腭裂。
专家指出，吸烟、酗酒等坏习惯，以及食物中缺乏人体必须的叶酸(属于维生素B族，用于治疗营养性贫血症和口炎性腹泻)和维生素A和B可导致新生儿先天性唇裂、先天腭裂等头颈部畸形。
叶酸是维生素B的一种，它是细胞制造过程中不可缺少的营养素。服用适量叶酸对预防先天性唇先天腭裂可以有一定作用，但应在医生指导下使用。
遗传因素
母亲若有唇腭裂，其子女的发病率高达15%；若父亲有唇腭裂，其子女的发病率为5%。据研究证明，如果已生育一个严重唇腭裂的婴孩，那么出现第二个唇腭裂婴儿的机率为5%；若唇腭裂情况不严重，出现第二个唇腭裂婴儿为3%。近亲结婚者的子女发病率更高。
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