脂肪存活率低
脂肪存活率低是自体脂肪填充的缺点中最明显的一点。
自体脂肪填充是通过脂肪移植来实现填充效果，如果一次性填充较多的脂肪，容易导致移植的脂肪失去血液供氧，导致脂肪钙化或硬结的现象出现。脂肪存活率低的话，就意味身体需要经过多次脂肪抽取和填充，对健康不利。
容易导致大小脸
自体脂肪填充全脸时，脂肪的抽取讲究一次到位的原则，而提取的脂肪细胞要是完整而圆润的，在脂肪抽取过程中，脂肪细胞与空气接触时间会影响脂肪细胞质量，当脂肪细胞注射到面部各个部位时，脂肪细胞的注射手法和排练需要医生有非常纯熟的手法，如果医生经验不足，在注射脸部两边对称部位时，两边的吸收程度可能出现差异，导致大小脸的现象出现。
易导致皮肤感染
如果在进行自体脂肪填充术之前消毒不严格，或是受术者受术部位本来就患有慢性炎症，进行自体脂肪填充术就容易引发皮肤感染的危险，一般在术后5-7天会出现感染部位红肿热痛的现象，严重的局部皮肤出现潮红，青紫，或是针孔不愈合而流脓的现象。
自体脂肪填部位出现血肿或血液渗出
自体脂肪填充术若是操作不当会加大患者血肿或血液渗出的危害。人的面部神经血管比较多，皮下组织或其他部位血管细小，如果在吸脂时对皮肤造成损伤，就容易造成血肿，患者本身有凝血机制障碍的话更容易出现这种现象;再者，在抽脂过程中如果形成的局部创面较大，组织强隙过多，就容易造成血液渗出的问题出现，而且还容易形成皮肤瘀斑。
易致皮肤凹凸不平现象出现
自体脂肪填充对于分布区域，脂肪量的多少有严格要求，而且注射时不能太浅，也不能太深，太浅容易导致包块出现，而太深则会导致效果不明显。所以自体脂肪填充要遵循多点少量，分布均匀的原则，一旦出现凹凸不平的现象，需到医院进行修复治疗。
术后易出现硬结
进行自体脂肪填充的时候，如果一次填充的脂肪过多，就可能导致脂肪挛缩，造成硬结的形成。所以在做自体脂肪填充术时，对于医生的经验，填充的多少都是有严格要求的，脂肪填充过少达不到效果，填充过多也会造成风险。
术后易发生脂肪液化危害
做自体脂肪填充手术的时候，如果注射的脂肪组织过多，或脂肪球没有得到充分营养而被损坏，就容易导致破损的脂肪细胞液化，最终被身体吸收，或发生脂肪液化的危害。
出现这种情况需要及时到医院做穿刺抽出液体，或进行负压引流。
