一、工程项目合同纠纷如何处理？
1、协商。
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解。
合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁。
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼。
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。
二、施工合同需要备案吗？
需要，施工合同备案方法包括：承包人登陆政府门户网站，在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，在对应的合同备案表中填写信息打印;办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
《民法典》第七百八十八条 【建设工程合同定义和种类】建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
第七百八十九条 【建设工程合同的形式】建设工程合同应当采用书面形式。
三、工程合同纠纷诉讼时效是多久
诉讼时效，是指权利人在法定期限内不行使权利即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的制度。它是基于一定事实状态在法律规定的一定期限内持续存在而当然发生的，不为当事人的意志所决定。同时，诉讼时效的适用上存在法律的强制性，当事人不得自行协商确定诉讼时效。
再者，诉讼时效是一种私权，法院不得主动释明和援用。当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民法院不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。
当事人未按照前款规定提出诉讼时效抗辩，以诉讼时效期间届满为由申请再审或者提出再审抗辩的，人民法院不予支持。主要理由在于：诉讼程序机制的建构实质蕴涵着通过构筑正当程序以保证私权争议获得公正裁判的诉讼理念。如果任由义务人在任何审理阶段行使诉讼时效的抗辩权，则将出现法院无法在一审审理阶段固定诉争焦点，无法有效发挥一审事实审的功能，使审级制度的功能性设计流于形式，产生损害司法程序的安定性、司法裁决的权威性、社会秩序的稳定性等问题。
在工程项目合同的履行过程中，如果承包人和发包人之间对于工程项目的约定产生分歧的，一定要及时的解决，如果是一方存在违反工程项目合同约定的行为，此时另外一方可以向该违约方主张违约责任，存在合同侵权行为的，需要承担侵权责任。
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