一、拆迁中屋顶自建房的确认由哪个部门负责
违章建筑只有城市规划行政主管部门有权加以认定。
自建房认定办法：
1、认定主体。
拆迁实践中，由拆迁人、房屋拆迁主管部门和城管大队等直接认定某一房屋(包括自建房)或者其他建筑物、构筑物等其他设施为违章建筑的情形很普遍。实际上，违章建筑只有城市规划行政主管部门有权加以认定。
拆迁人应当就可能系违章建筑、违法建设的房屋的事宜报请规划主管部门处理，或者告知被拆迁人申请规划主管部门处理。规划主管部门在接到拆迁人的有关报告或者被拆迁人的有关申请后，再依法确定是否为违章建筑、违法建设。
2、处理主体与方式。
同样地，对违章建筑、违法建设的处理权仅仅归属于规划行政主管部门。在自建房屋虽然影响规划，但可以采取改正措施的情况下，规划主管部门可以责令当事人限期改正并处罚款。被拆迁人在接受处罚后采取了有关改正措施的，规划主管部门可以认定该房屋系合法建筑，被拆迁人凭规划主管部门的处罚决定申请房屋产权登记，该房屋可以按照合法建筑给予拆迁补偿。
3、处理时效。
违章建筑、违法建设并不必然受到法律追责。原因在于，法律在赋予追则主体行政处罚权力的同时，也规定了行使该权力的时效。根据我国现行法律的规定，对违章建筑、违法建设进行处罚的时效是两年。若超过该时效，权力即归于消灭。
二、自建房拆迁补偿标准是什么
农村自建房拆迁赔偿费标准，货币补偿金额计算公式为：(被拆除房屋建安重置单价结合成新 同区域新建多层商品住房每平方米建筑面积的土地使用权基价 价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积。
农村征地拆迁补偿标准被拆除房屋的用途和建筑面积，一般以房产权证、农村宅基地使用证或者建房批准文件的记载为准。如记载与实际不符的，除违章建筑外，应以实际为准。
拆迁的合法房屋是能够获得拆迁补偿的，但是有些房东在房屋的基础上，没有经过合法的审批手续就私建房屋，私建的房屋属于违章建筑，那么私建的房屋是不能获得拆迁的补偿，只能是由房东来承担经济损失，拆迁部门不承担任何责任。
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